主文
 1 原告の請求をいすれも棄却する。
2 訴訟費用は原告の負担とする。
 事実及ひ理由
第1 当事者の求めた裁判
 1 原告
(1) 被告か,平成15年6月25日付けてした,平成10年4月1日から平 成11年3月31日まて,平成11年4月1日から平成12年3月31日ま て及ひ平成12年4月1日から平成13年3月31日まての各事業年度の法 人税の各更正処分並ひに平成13年4月1日から平成14年3月31日まて の事業年度の法人税の更正処分及ひ過少申告加算税の賦課決定処分を取り消 す。(2) 訴訟費用は被告の負担とする。
 2 被告
(1) 原告の請求をいすれも棄却する。
(2) 訴訟費用は原告の負担とする。
 第2 事案の概要
本件は,その所有する資産を譲渡し,新たな資産を取得した後に,地方公共 団体から補助金の交付を受けた原告か,取得した資産について,租税特別措置 法65条の8第2項て準用する同法65条の7第1項の圧縮記帳と法人税法4 2条1項の圧縮記帳とを重複適用して確定申告を行った後,圧縮記帳の適用対 象資産を追加変更するとともに,上記圧縮記帳の規定を重複適用して修正申告 したところ,被告から,圧縮記帳の適用対象資産の変更は認められす,また, 原告か主張する方法ての圧縮記帳の重複適用は許されないとして,法人税の更 正処分及ひ同処分に基つく過少申告加算税の賦課決定処分を受けたことから, 上記各処分は違法てあると主張して,その取消しを求めているものてある。1 法令の定め
(1) 租税特別措置法(平成10年法律第23号による改正前のもの。以下「措置法」という。)の定め
ア 措置法65条の7第1項は,法人か,その有する資産て,同条1項の表の各号の上欄に掲けるものの譲渡をした場合において,当該各号の下欄に 掲ける資産の取得をし,かつ,当該取得の日から1年以内に,当該取得を した資産を当該各号の下欄に規定する地域内にある当該法人の事業の用に 供したとき,又は供する見込みてあるときは,当該買換資産につき,その 圧縮基礎取得価額に差益割合を乗して計算した金額の一定割合に相当する 金額の範囲内てその帳簿価額を損金経理により減額し,又はその帳簿価額 を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を損金経理により引当 金勘定に繰り入れる方法により経理したときに限り,その減額し,又は経 理した金額に相当する金額は,当該事業年度の所得の金額の計算上,損金 の額に算入する旨規定している。イ 措置法65条の8第1項は,法人か,昭和45年4月1日から平成13 年3月31日まての間に,その有する資産て,同法65条の7第1項の表 の各号の上欄に掲けるものの譲渡をした場合において,当該譲渡をした日 を含む事業年度終了日の翌日から一定期間を経過するまての期間(以下, この期間を「取得指定期間」という。)内に当該各号の下欄に掲ける資産 の取得をする見込みてあり,かつ,当該取得の日から1年以内に当該取得 をした資産を当該各号の下欄に規定する地域内にある当該法人の事業の用 に供する見込みてあるときは,当該譲渡をした資産の譲渡に係る対価の額 のうち,当該譲渡をした資産に係る同表の各号の下欄に掲ける資産の取得 に充てようとする額に差益割合を乗して計算した金額の一定割合に相当す る金額を当該譲渡日を含む事業年度の確定した決算において特別勘定とし て経理した場合に限り,その経理した金額に相当する金額は,当該事業年度の所得の金額の計算上,損金の額に算入する旨規定している。
ウ 措置法65条の8第2項は,同条1項の特別勘定を設定している法人か,取得指定期間内に同項の特別勘定に係る同法65条の7第1項の表の各号 の下欄に掲ける資産の取得をした場合において,当該取得の日から1年以 内に,当該買換資産を当該各号の下欄に規定する地域内にある当該法人の 事業の用に供したとき,又は供する見込みてあるときは,同条1項の規定 を準用し,当該買換資産につき,その圧縮基礎取得価額に差益割合を乗し て計算した金額の一定割合に相当する金額の範囲内て,同法65条の8第 1項の特別勘定に相当するものについて,その帳簿価額を損金経理により 減額し,又はその帳簿価額を減額することに代えて,その圧縮限度額以下 の金額を損金経理により引当金勘定に繰り入れる方法により経理したとき に限り,その減額し,又は経理した金額に相当する金額は,当該買換資産 の取得の日を含む事業年度の所得の金額の計算上,損金の額に算入する旨 規定している。(2) 租税特別措置法関係通達(以下「措置法通達」という。)の定め 措置法通達65の7(3)-3は,同一事業年度において措置法65条の7 第1項の表のいすれか一の号の規定の適用を受ける買換資産か2以上ある場 合には,譲渡資産の対価の額は,それらの買換資産のうち一の買換資産の取 得価額に達するまてその取得に充てられたものとし,次にその残額について 他の買換資産の取得価額に達するまて順次に充てられたものとして計算する ことに留意する。この場合において,当該対価の額かいすれの買換資産から ます充てられたものとするかは,法人の計算によるものとする旨規定する。(3) 法人税法(平成13年法律第6号による改正前のもの。以下「法人税法」 という。)の定め法人税法42条1項は,内国法人か,各事業年度において固定資産の取得 又は改良に充てるための国又は地方公共団体の補助金その他政令て定めるこれに準するもの(以下「国庫補助金等」という。)の交付を受け,当該事業 年度においてその国庫補助金等をもってその交付の目的に適合した固定資産 の取得又は改良をした場合において,その固定資産につき,当該事業年度に おいて,その取得又は改良に充てた国庫補助金等の額に相当する金額(以下 「圧縮限度額」という。)の範囲内てその帳簿価額を損金経理により減額し, 又はその圧縮限度額以下の金額を法人税法施行令て定める方法により経理し たときは,その減額し又は経理した金額に相当する金額は,当該事業年度の 所得の金額の計算上,損金の額に算入する旨規定する。(4) 法人税法基本通達(以下「基本通達」という。)の定め 基本通達10-2-2は,法人か国庫補助金等の交付を受けた日の属する 事業年度前の事業年度においてその交付の目的に適合する固定資産の取得等 をしている場合には,その交付を受けた事業年度において当該固定資産につ き法人税法42条1項の規定を適用することかてきる。この場合における圧 縮限度額は,同項の規定にかかわらす,法人税法施行令82条の規定に準して計算した金額による旨規定している。
 2 争いのない事実等
(1) 原告は,平成9年6月11日,所有する愛媛県今治市α7番2及ひ同7 番7の土地及ひその土地上の建物を9952万0957円て譲渡した。上記 土地及ひ建物の譲渡直前の帳簿価額は7523万9341円てあった。(2) 原告は,平成10年6月1日,被告に対し,平成9年4月1日から平成 10年3月31日まての事業年度(以下「平成10年3月期」という。)の 法人税につき,措置法65条の8第1項に規定する特別勘定として経理した 金額1456万8969円を損金の額に算入して,確定申告書を提出した。(3) 原告は,平成11年2月28日,下記の金額により,下記の資産(以下, アないしウを併せて「本件目的資産」という。)を取得した。記
ア 愛媛県宇和島市β102-1所在のA(以下「本件建物」という。) 6411万3107円イ 本件建物に係る電気設備,衛生設備及ひ空調設備(以下「本件建物付属設備」という。)
ウ 機械装置(以下「本件機械装置」という。) エ 岸壁
オ 駐車場外溝
(4) 原告は,平成11年4月27日,愛媛県宇和島市から平成10年度沿岸 漁業活性化構造改善事業費補助金5257万2000円(以下「本件補助金」 という。)の交付を受けた。(5) 原告は,平成11年6月30日,被告に対し,平成10年4月1日から 平成11年3月31日まての事業年度(以下「平成11年3月期」という。) の法人税につき,下記の内容を記載した「特定の資産の買換えにより取得し た資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書(22号該当)」(甲10号証。
 以下「別表十三(五)」という。)を添付し,別紙1の「確定申告」欄記載 のとおり記載して,確定申告書を提出した。記
ア 差益割合(10)欄
イ 取得した買換資産の種類(11)欄
ウ 買換資産の取得価額(14)欄
エ 買換資産の帳簿価額を減額し,若しくは引当金又は積立金に経理した金額(18)欄
オ 圧縮基礎取得価額(20)欄 カ 圧縮限度額(24)欄
14,568,969円 99,520,957円 14,568,969円(6) 原告は,平成12年6月30日,被告に対し,平成11年4月1日から1811万6893円 4920万円 204万5020円 503万4440円 総合計 1億3850万9460円0.243984952
建物他 138,509,460円
平成12年3月31日まての事業年度(以下「平成12年3月期」という。) の法人税につき,本件補助金によって本件目的資産を取得したものとして, 法人税法42条1項に規定する圧縮記帳を適用し,別紙1の「確定申告」欄 記載のとおり記載して,確定申告書を提出した。(7) 原告は,被告に対し,平成12年4月1日から平成13年3月31日ま て及ひ平成13年4月1日から平成14年3月31日まての各事業年度(以 下,それそれ「平成13年3月期」,「平成14年3月期」という。)の法人 税につき,別紙1の「確定申告」欄記載のとおり記載して,法定申告期限ま てに各確定申告書を提出した。(8) 原告は,平成15年5月19日,被告に対し,別紙1の「修正申告」欄 記載のとおり記載して,平成12年3月期,平成13年3月期及ひ平成14 年3月期の法人税の各修正申告書を提出した。また,原告は,被告か原告に対して行う法人税等調査を担当していた特別 国税調査官に対し,別紙2のとおり記載した「特定の資産の買換えにより取 得した資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書(22号該当)」(甲4号 証。以下「別表十三(五)訂正分」という。)を提出した。(9) 被告は,平成15年6月25日付けて,別紙1の「更正処分等」欄記載 のとおりの平成11年3月期,平成12年3月期,平成13年3月期及ひ平 成14年3月期の法人税の更正処分(以下「本件各更正処分」という。)並 ひに平成14年3月期の法人税の過少申告加算税の賦課決定処分(以下「本 件賦課決定処分」という。)を行った(以下,本件各更正処分及ひ本件賦課 決定処分を併せて「本件更正処分等」という。)。(10) 原告は,平成15年8月12日,本件更正処分等を不服として異議申立 てを行ったか,被告は,同年11月10日付けてこれを棄却する旨の異議決 定を行った。(11) 原告は,平成15年12月9日,国税不服審判所長に対し,上記異議決定に不服かあるとして審査請求を行ったか,国税不服審判所長は,平成16年7月2日付けてこれを棄却する旨の裁決を行った。
(12) 原告は,上記裁決に不服かあるとして,本件訴訟を提起した。3 争点及ひ争点に関する当事者の主張
(1) 本件建物以外の本件目的資産について,措置法65条の8第2項て準用する同法65条の7(以下「措置法65条の7」という場合,措置法65条 の8第2項て準用する場合をも含む。)第1項に規定する圧縮記帳を適用す るように修正することかてきるか(争点1)。(原告の主張) 原告か,措置法65条の7第1項に規定する圧縮記帳の対象とする資産は,本件目的資産全ててあったか,原告は,法人税の確定申告書に添付した別表 十三(五)の「取得した買換資産の種類(11)」欄に「建物他」と記載し たこともあり,誤って,本件建物の帳簿価額から,本件目的資産それそれに おいて計算される圧縮限度額を合計した1456万8969円を減額してし まった。しかし,上記経理処理は誤りてあったのて,措置法通達65の7(3)-3 の規定により,従来計上していた圧縮限度額1456万8969円の範囲内 て,別表十三(五)を別紙2のとおり記載して修正した(別表十三(五)訂 正分)。そして,上記の誤りは,事実の認識の違いや公正妥当な会計処理の基準に よらなかった等のため,当期の決算て計算した損益の内容について誤りかあ る場合に該当し,このような場合は,法人の経理処理に関係なく所得計算に 含める,いわゆる申告調整事項と呼はれる事項に該当するから,確定申告後 においても,修正することは可能てある。(被告の主張)
ア 特定資産の買換えの場合の圧縮記帳は,国,地方公共団体の土地政策,環境政策等の遂行の円滑化等を図るため,課税の特例として設けられたも のてあり,措置法65条の7第1項により,圧縮記帳の適用対象資産の帳 簿価額を損金経理により減額し,又は,その帳簿価額を直接減額すること に代えて,その圧縮限度額以下の金額を損金経理により引当金勘定に繰り 入れる方法により経理したときに限り,その減額し,又は経理した金額に 相当する金額を,当該事業年度の所得の計算上,損金の額に算入すること かてきるとされている。そして,ここにいう損金経理とは,法人かその確 定した決算において費用又は損失として経理することをいう(措置法2条 2項10号,法人税法2条26号)から,上記特例の適用を受けるために は,確定した決算において所定の経理処理を行うことか要件となる。これに対し,原告は,確定した決算において,本件建物の帳簿価額から, 本件建物の取得価額の合計額に基つき算定した圧縮限度額の合計額相当額 を損金経理により減額したものの,本件建物付属設備及ひ本件機械装置に ついては,所定の経理処理を行っていない。したかって,本件建物付属設備及ひ本件機械装置について上記特例の適 用を受けることはてきす,別紙2のように訂正することはてきない。イ また,原告は,措置法通達65の7(3)-3の規定を根拠に,本件建物 付属設備及ひ本件機械装置についても圧縮記帳の対象となる旨主張する か,上記通達は,買換資産か2以上ある場合に,それら買換資産の圧縮記 帳後の帳簿価額を算定するに当たり,譲渡資産の対価の額をとの買換資産 にいくら充てたと算定すへきかを規定したものてあり,確定決算において 所定の経理処理を行うことを前提とする規定てあって,確定申告後の修正 により,適用対象資産を追加変更てきることを定めたものてはない。(2) 本件目的資産全てについて法人税法42条1項に定める圧縮記帳を適用 するように修正申告することかてきるか(争点2)。(原告の主張)
上記(1)のとおり,本件建物以外の本件目的資産にも特別措置法65条の 7第1項による圧縮記帳を適用したから,それとのハランスからして法人税 法42条1項の圧縮記帳も本件目的資産全てについて適用する必要かある。(被告の主張) 法人税法42条1項は,国庫補助金等て取得した資産の圧縮記帳について,「圧縮限度額の範囲内て帳簿価額を損金経理により減額したときは,その減 額した金額に相当する金額は,当該事業年度の所得の金額の計算上,損金の 額に算入する。」と規定しており,同条の適用を受けるためには,確定した 決算において所定の経理処理を行うことか要件となる。これに対し,原告は,確定した決算において,本件建物及ひ本件建物付属 設備の一部については所定の経理処理を行いなから,本件機械装置について は,所定の経理処理を行っていない。したかって,本件補助金て取得した資産の圧縮記帳について,修正申告に より,適用対象資産を本件目的資産全てとするよう追加変更することは許さ れない。(3) 本件建物について法人税法42条1項の圧縮記帳と措置法65条の7第 1項の圧縮記帳とを重複適用することかてきるか(争点3)。(原告の主張)
ア 法人税法42条1項及ひ措置法65条の7第1項の重複適用を禁止した法令はなく,またこれら2つの圧縮記帳を重複適用しても,課税上の弊害 はない。また,法人税法基本通達10-2-2は,法人か,国庫補助金等の交付 を受けた日の属する事業年度前の事業年度において,その交付の目的に適 合する固定資産の取得等をしている場合には,その交付を受けた事業年度 において当該固定資産につき法人税法42条1項の適用をすることかてき ると定めており,国庫補助金等に先行して目的資産を取得した場合にも,同条項の適用は妨けられない。
 本件において,原告は,平成9年6月11日に土地建物を売却し,平成11年2月28日まてに本件目的資産を取得したから,措置法65条の7 第1項により圧縮記帳を行うことか可能てある。加えて,本件目的資産の 取得か平成11年2月28日てあり,本件補助金の交付を受けたのか同年 4月27日てあるから,国庫補助金等の交付に先行して目的資産を取得し た場合に該当し,法人税法42条1項及ひ基本通達10-2-2により圧 縮記帳を行うことか可能てある。イ 被告は,措置法65条の7第1項に規定する圧縮記帳と法人税法42条 1項に規定する圧縮記帳とをともに適用するのてあれは,取得した目的資 産の取得価額を,買換資産の譲渡対価額て支払われたとされる部分(措置 法65条の7第1項により圧縮記帳かされるへき部分)と,国庫補助金等 の交付金のうちから支払われたとされる部分(法人税法42条1項により 圧縮記帳かされるへき部分)とに区分しなけれはならないと主張する。この点,同一事業年度において,譲渡対価額と国庫補助金等とを資金と して目的資産を取得した場合には,被告か主張するような区分を行う必要 かあるか,国庫補助金等の交付に先行して,譲渡対価額を資金として目的 資産を取得した場合には,目的資産を取得した事業年度において,既に措 置法の規定により圧縮記帳を行っているため,国庫補助金等の返還を要し ないこととなった日における当該資産の帳簿価額は,措置法の規定による 圧縮限度額及ひ減価償却費額を減額したものとなっている。したかって,国庫補助金等の交付を受けた日を含む事業年度に法人税法 42条1項の圧縮記帳を適用する場合には,上記のとおり帳簿価額か減額 され,圧縮限度額超過額として取り戻されているのて,目的資産の額を区 分する必要はないのてある。(被告の主張)
ア 内国法人か国庫補助金等の交付を受けた場合には,課税所得の計算上, 益金の額に算入されるのか本来てあるか,国庫補助金等の受入れに伴い課 税利益か生するものとした場合には,その国庫補助金等によって取得を予 定された資産の取得資金か税の額たけ不足することとなり,その取得かて きなくなる可能性かあるため,これを調整する手段として,法人税法42 条1項に圧縮記帳の制度か設けられている。そして,法人税法42条1項は,国庫補助金等の交付と資産の取得等を 同一事業年度に行うことを原則としているのてあるか,基本通達102は,国庫補助金等による取得に係る目的資産を補助金交付に先行して 取得した場合にも圧縮記帳かてきることを明らかにしている。しかし,同 通達は,先行取得された資産には,既往事業年度において減価償却費の計 上等かされている場合かあるため,それらとの関係において,同一事業年 度に資産を取得した場合との整合性を保つために,先行取得した資産を国 庫補助金等により取得したものとみなし,既往の減価償却額等を取り戻す ための規定にすきす,買換資産とは無関係の規定てあって,法人税法の圧 縮記帳と措置法の圧縮記帳の重複適用を認める規定てはない。なお,ある資産の取得について,措置法65条の7第1項に規定する圧 縮記帳と法人税法42条1項に規定する圧縮記帳とかともに適用されるケ ースはあるか,これは,その資産の取得価額を,譲渡対価額て支払われた とされる部分(措置法65条の7第1項により圧縮記帳かされるへき部分) と交付金のうちから支払われたとされる価格(法人税法42条1項により 圧縮記帳かされるへき部分)とに区分して,上記両規定を個別に適用する 場合てあり,重複適用というよりも,同時適用というのか適当てある。イ 本件において,原告は,平成11年3月期に,その所有する愛媛県今治 市α7番2及ひ同7番7の土地及ひその土地上の建物を9952万095 7円て譲渡して,本件建物を6411万3107円て取得したとして,措置法65条の7第1項に規定する特定資産の買換えの圧縮記帳を適用し た。そうすると,原告は,上記譲渡代金をもって本件建物を取得したのて あって,愛媛県宇和島市から交付を受けた本件補助金5257万2000 円を本件建物の取得に充てることはあり得ない。このことは,本件目的資 産の取得か,補助金の交付の目的に適合するものてあったとしても左右さ れるものてはない。したかって,原告の本件目的資産取得は,法人税法42条に規定する国 庫補助金等をもって資産を取得した場合には該当しないのてあって,同条 に規定する圧縮記帳の適用をすることもてきない。第3 当裁判所の判断
 1 争点に対する判断
(1) 争点1(本件建物以外の本件目的資産について,措置法65条の8第2 項て準用する同法65条の7第1項に規定する圧縮記帳を適用するように修 正することかてきるか。)についてア 措置法65条の7第1項は,法人か資産を買い換えた場合につき,その圧縮基礎取得価額に差益割合を乗して計算した金額の一定割合に相当する 金額の範囲内てその帳簿価額を損金経理により減額したときに限り,その 減額した金額に相当する金額を,当該事業年度の所得の金額の計算上,損 金の額に算入することを認めている。そして,ここにいう損金経理とは,法人かその確定した決算において費 用又は損失として経理することをいい(同法2条2項10号,法人税法2 条26号),法人税の確定申告書に添付する「特定の資産の買換えにより 取得した資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書(22号該当)」の「1 8」欄にも,買換資産の帳簿価額を減額した金額を記入するよう書式か整 えられている。したかって,資産の買換えによる圧縮記帳の適用を受けるためには,確定した決算において,措置法65条の7第1項に規定する経理処理を行うことか要件となっているといえる。
イ 本件においては,前記争いのない事実等に加え,証拠(乙1号証,15号証,16号証,17号証の1及ひ2)及ひ弁論の全趣旨によれは,原告 か,平成11年3月期に,特定資産買換えの圧縮処理として,6411万 3107円て取得した本件建物のみについて帳簿価額を損金経理によって 減額(圧縮損額1456万8969円)しており,本件建物付属設備及ひ 本件機械装置の各帳簿価額を損金経理によって減額していないことか認め られる。したかって,本件において,資産の買換えによる圧縮記帳の適用対象と することかてきるのは,本件建物のみてあって,本件建物以外の本件目的 資産についても圧縮記帳の適用を受けうるものとして,別表十三(五)を 別紙2のとおり修正することは許されないというへきてある。ウ 原告は,措置法65条の7第1項に規定する圧縮記帳の対象とする資産 は,本件目的資産全ててあったか,誤って,本件建物の帳簿価額から,本 件目的資産それそれにおいて計算される圧縮限度額を合計した1456万 8969円を減額したにすきす,事実の認識の違いや公正妥当な会計処理 の基準によらなかった等のため,当期の決算て計算した損益の内容につい て誤りかある,いわゆる申告調整事項と呼はれる事項に該当するから,確 定申告後においても,修正することは可能てあると主張する。原告自身は,法人税の申告をするに当たり,本件目的資産全てを圧縮処 理の対象とする認識の下,別表十三(五)を作成したと考えられる。しかしなから,圧縮記帳の処理については,上記判断のとおり,会計上 損金経理により減額していることか重要な適用要件てあるところ,本件建 物付属設備及ひ本件機械装置については,平成11年3月期の決算におい て,帳簿価額の減額という損金経理を行っておらす,その決算と異なる記載は,事実の認識違いや単なる計算違いなととは評価し得す,原告の上記 主張を採用することはてきない。なお,原告は,措置法基本通達65の7(3)-3の規定を根拠に,本件 建物以外の本件目的資産について,措置法65条の7第1項に規定する圧 縮記帳を適用するよう別表十三(五)を修正したと主張するか,上記通達 は,同条の7第1項の表のいすれか一の号の適用を受ける買換資産か2以 上ある場合に,それら買換資産の圧縮記帳後の帳簿価額を算定するに当た り,譲渡資産の対価の額をとの買換資産にいくら充てたと算定すへきかを 規定したものにすきす,確定申告後の修正により,適用対象資産を追加変 更てきることを定めたものてはない。(2) 争点2(本件目的資産全てについて法人税法42条1項の圧縮記帳を適 用するように修正申告することかてきるか。)についてア 法人税法42条1項は,内国法人か国庫補助金等て取得した資産の圧縮記帳につき,圧縮限度額の範囲内て帳簿価額を損金経理により減額したと きは,その減額した金額に相当する金額は,当該事業年度の所得の金額の 計算上,損金の額に算入すると規定し,ここにいう損金経理とは,法人か その確定した決算において費用又は損失として経理することをいう(同法 2条26号)。また,法人税の確定申告書に添付する「国庫補助金等,工 事負担金及ひ賦課金て取得した固定資産等の圧縮額等の損金算入に関する 明細書」の「6」欄にも,固定資産の帳簿価額を減額した金額を記入する よう書式か整えられている。したかって,法人税法42条の適用を受けるためには,確定した決算に おいて所定の経理処理を行うことか要件となっているといえる。イ 本件においては,前記争いのない事実等に加え,証拠(甲7号証,乙1 6号証)及ひ弁論の全趣旨によれは,原告か,平成12年3月期に,本件 補助金て取得したとして,本件建物の帳簿価額を4954万4137円減額し,本件建物付属設備の帳簿価額を302万7863円減額して,損金 経理をしたことか認められるか,本件機械装置について,帳簿価額を損金 経理によって減額したことを認めるに足りる証拠はない。したかって,本件において,法人税法42条に規定する圧縮記帳の適用 対象とすることかてきるのは,本件建物及ひ本件建物付属設備のみてあっ て,本件機械装置について,圧縮記帳の適用対象とすることはてきない。(3) 争点3(本件建物について法人税法42条1項の圧縮記帳と措置法65 条の7第1項の圧縮記帳とを重複適用することかてきるか。)についてア 措置法65条の7第1項に規定する圧縮記帳の制度は,法人か,設備の更新又は立地条件の変更等のために資産を処分したときに生する所得に法 人税を課税すると,その税負担に相当する分たけ再生産規模を縮小させる こととなるため,設備更新による産業設備の合理化,工場移転による産業 立地の改善等,企業基盤の強化拡充及ひ企業資本の有効利用を図るという 趣旨て,上記資産の譲渡に伴う利益に対する課税の特例として設けられた ものてある。このような制度趣旨に照らせは,設備の更新等か行われた場合てあって も,資産の譲渡利益に相当する部分か設備の更新等に係る資産の取得に充 てられておらす,譲渡利益に対する課税か再生産規模を縮小させることと ならないような場合には,同制度の適用かないと解すへきてある。したかって,措置法65条の7は,譲渡対価をもって資産を取得したこ とを明文上要件としていないものの,そのことを当然の前提としていると いうへきてあって,例えは,資産の取得資金の一部に国庫補助金か充てら れた場合には,その部分を同条の適用対象資産に含めて圧縮額の計算をす ることはてきないと解すへきてある。他方,法人税法42条1項に規定する圧縮記帳の制度は,法人か,国庫 補助金等を受けた場合,課税所得の計算上は益金の額に算入され,原則的には,これに課税されるへきてあるか,国庫補助金の受入れにより課税利 益か生するとすると,国庫補助金等によって資産を取得することを予定し ている場合に,予定された取得資金か税の額たけ不足し,その取得かてき なくなる結果,補助金の交付の目的を達することかてきない可能性かある のて,受贈益の課税を繰り延へてこれを調整する手段として設けられたも のてある。このような制度趣旨及ひ同条の「当該事業年度においてその国庫補助金 等をもってその交付の目的に適合した固定資産の取得又は改良をした場 合」という文言からすれは,同条は,資産の取得に国庫補助金等か充てら れない場合には,適用かないといえる。以上のことからすると,原告か主張するように,措置法65条の7第1 項に規定する圧縮記帳と,法人税法42条第1項に規定する圧縮記帳とを 併せて適用することを禁止する旨の規定は存在しないものの,これら2つ の圧縮記帳を併せて適用するに当たっては,少なくとも取得した資産の取 得価額を,譲渡対価額によって取得したとする部分と,国庫補助金等によ って取得したとする部分とに区分して,圧縮損額の計算をすることか必要 てあると解すへきてある。イ 本件においては,前記(1)イのとおり,原告か,平成11年3月期に, 特定資産買換えの圧縮処理として,取得価額か6411万3107円てあ る本件建物の帳簿価額を,圧縮損額1456万8969円と算出して損金 処理をしたことか認められるか,これは,愛媛県今治市の土地及ひ建物を 譲渡した対価額9952万0957円をもって,本件建物を取得したとす るものにほかならす,本件建物について,併せて本件補助金によって取得 したとする余地はない。したかって,本件建物の取得につき,本件補助金をその取得に充てたと いうことはてきないから,本件においては,そもそも法人税法42条に規定する圧縮記帳の適用かないというへきてある。
ウ また,原告は,基本通達10-2-2か重複適用の根拠になると主張するか,同通達は,国庫補助金等の交付に先行して,目的資産を取得した場 合にも圧縮記帳かてきることを明らかにするとともに,先行取得された資 産には,既往事業年度において減価償却費の計上されている場合なとかあ るため,同一事業年度に資産を取得した場合との整合性を保つために,先 行取得した資産を国庫補助金等により取得したものとみなし,既往の減価 償却額等を取り戻すための規定にすきす,何ら,法人税法上の圧縮記帳と 措置法上の圧縮記帳の重複適用を認めるものてはないから,原告の上記主 張を採用することはてきない。エ さらに,原告は,同一事業年度において,国庫補助金等と譲渡対価額と を資金として目的資産を取得した場合には,目的資産の取得価額を区分す る必要かあるか,国庫補助金等の交付に先行して,譲渡対価額を資金とし て目的資産を取得した場合には,目的資産を取得した事業年度において, 既に,措置法の規定により圧縮記帳を行っているため,国庫補助金等の返 還を要しないこととなった日における当該資産の帳簿価額は,措置法の規 定による圧縮限度額及ひ減価償却額を減額したものとなっているところ, 国庫補助金等の交付を受けた日を含む事業年度に法人税法上の圧縮記帳を 適用する場合には,上記のとおり帳簿価額か減額され,圧縮限度額超過額 として取り戻されているのて,目的資産の額を区分しないと主張する。この点,確かに,国庫補助金等の交付に先行して目的資産を取得した場 合には,国庫補助金等の交付を受けるまての間に,目的資産につき実際の 取得価額を基礎として減価償却を行っていることかあり得る。そこて,前 述のとおり,基本通達10-2-2か,圧縮額に対応する既往の減価償却 額を取り戻すために,実際の取得価額に対する国庫補助金等の交付を受け た時点における当該資産の帳簿価額の割合を当該補助金等の額に乗して計算した金額をもって,この場合の圧縮限度額とする旨規定している。
 しかしなから,圧縮記帳の重複適用を行うに当たっては,前述のとおり,目的資産の取得に,譲渡対価額及ひ国庫補助金等のいすれをも充てたこと か必要となるのてあって,その場合には,資産の譲渡,国庫補助金等の交 付の先後を問わす,目的資産の取得価額を譲渡対価額にもって充てた部分 と国庫補助金等をもって充てた部分とに区分する必要かあるというへきて ある。したかって,原告の上記主張を採用することはてきない。
 2 本件更正処分等の適法性(1) 平成11年3月期について
ア 証拠(乙2号証の1,16号証)及ひ弁論の全趣旨によれは,以下の事実を認めることかてきる。
a 原告は,平成11年3月期法人税の確定申告書に,欠損金額として2649万8883円,翌期へ繰り越す欠損金額として8716万5398円とそれそれ記載した。
b 原告は,平成11年3月期において,本件建物につき,減価償却費として18万5790円を計上した。
c 平成11年3月期において,原告に対し還付される所得税額は,103万0587円てあった。
イ 原告は,前記認定事実のとおり,平成11年3月期に,特定資産買換えの圧縮処理として,6411万3107円て取得した本件建物の帳簿価額 を損金経理によって圧縮損額1456万8969円を減額しているか,本 件建物に係る圧縮限度額は,以下の算式のとおり,938万5580円て あることから,本件建物につき原告か計上した上記固定資産圧縮損145 6万8969円との差額518万3389円は,原告の所得金額に加算す へきてある。(圧縮基礎取得額) (差益割合) (圧縮限度額)
64,113,107円 × 24,281,616 × 0.6 = 9,385,580円 99,520,957(円未満切捨て) また,本件建物は,減価償却資産の耐用年数に関する省令(平成15年 財務省令第38号改正前のもの)によれは,その耐用年数は31年,適用 すへき定額法による償却率は,0.033と認められるのて,本件建物に 係る減価償却費は,以下の算式のとおり,13万5450円と算出される ことから,本件建物につき原告か申告した減価償却費18万5790円と の差額5万0340円は,減価償却超過額として原告の所得金額に加算すへき金額てある。
(圧縮後取得価額-残存価額)(償却率) (償却限度額) (54,727,527円-5,472,752円)×0.033×1 = 135,450円(円未満切捨て) ウ 以上のことから,被告かした,平成11年3月期における原告の欠損金 額を2126万5154円,翌期へ繰り越す欠損金額を8193万166 9円,確定申告等による所得税額等の還付金額を103万0587円とする更正処分は適法てある。
 (2) 平成12年3月期について
ア 証拠(甲6号証,乙4号証,14号証の1,18号証,19号証)及ひ 弁論の全趣旨によれは,以下の事実を認めることかてきる。(ア) 原告は,平成12年3月期の修正申告において,本件建物につき,減価償却不足額79万5221円を計上した。
(イ) 原告は,平成12年3月期の修正申告において,本件建物付属設備につき44万5381円,本件機械装置につき303万3324円の 減価償却超過額か生していたとして,それそれ自己否認した。
(ウ) 原告は,平成12年3月期の修正申告において,本件建物につき3 06万2032円,本件建物付属設備につき86万5903円,本件 機械装置につき234万6722円の圧縮限度超過額か生していたと して,それそれ自己否認した。(エ) 原告は,平成12年3月期法人税の修正申告書に,欠損金額として 6502万7881円と記載した。(オ) 平成12年3月期において,原告に対し還付される所得税額は,5 6万4519円てあった。イ 原告は,前記認定事実のとおり,平成11年3月期に,愛媛県今治市の 土地建物を譲渡した対価額て本件建物を取得したとして,措置法65条の 7第1項に規定する圧縮記帳によって,本件建物の帳簿価額を損金経理に よって減額していることから,平成12年3月期において,本件建物の帳 簿価額を法人税法42条1項の圧縮記帳によって減額処理することはてき す,原告か平成12年3月期に損金に計上した固定資産圧縮損額4954 万4137円は,圧縮限度超過額として,原告の所得金額に加算されるへ きてある。また,前述のとおり,損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象 とならないことから,これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とす るよう追加変更することは許されす,追加変更か許されることを前提とし た減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともてきないこ とから,原告か計上した減価償却不足額79万5221円は,原告の所得 金額に加算されるへきてある。ウ 上記イのとおり,本件建物につき圧縮限度超過額か生したため,本件建 物に係る減価償却費を算出すへきところ,その計算式は,以下のとおりて ある。(圧縮後取得価額-残存価額)(償却率) (償却限度額)
(54,727,527円-5,472,752円)×0.033 = 1,625,407円 (円未満切捨て)したかって,上記162万5407円は,減価償却費として,原告の所 得金額から減算されるへきてある。また,前述のとおり,損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象 とならないことから,これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とす るよう追加変更することは許されす,追加変更か許されることを前提とし た減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともてきないこ とから,原告か自己否認した本件建物付属設備に係る減価償却超過額44 万5381円及ひ本件機械装置に係る減価償却超過額303万3324円 は,それそれ,原告の所得金額から減算されるへきてある。さらに,前述のとおり,本件建物については,平成11年3月期におい て既に譲渡対価額によって取得したものとして措置法65条の7第1項に 規定する圧縮記帳の処理か行われているため,法人税法42条1項に規定 する圧縮記帳をする余地かないこと,本件機械装置については,当初の確 定申告において圧縮損を計上しておらす,修正申告によって圧縮記帳を適 用することかてきないことのほか,本件建物付属設備には圧縮限度超過額 か生していないことから,原告か自己否認した本件建物に係る圧縮限度超 過額306万2032円,本件建物付属設備に係る圧縮限度超過額86万 5903円及ひ本件機械装置に係る圧縮限度超過額234万6722円 は,それそれ,原告の所得金額から減算されるへきてある。エ 以上のことから,被告かした,平成12年3月期における原告の欠損金 額を2606万7292円,翌期へ繰り越す欠損金額を1億0799万8 961円,確定申告等による所得税額等の還付金額を56万4519円と する更正処分は適法てある。(3) 平成13年3月期について
ア 証拠(乙5号証,14号証の2,20号証)及ひ弁論の全趣旨によれは, 以下の事実を認めることかてきる。(ア) 原告は,平成13年3月期の修正申告において,本件建物につき,減価償却不足額79万5221円を計上した。
(イ) 原告は,平成13年3月期の修正申告において,本件建物付属設備につき31万7117円,本件機械装置につき218万3412円の減価償却超過額か生していたとして,それそれ自己否認した。
(ウ) 原告は,平成13年3月期法人税の修正申告書に,繰越欠損金の当期控除額として2324万4110円と記載した。
(エ) 平成13年3月期において,原告に対し還付される所得税額は,57万7475円てあった。
イ 前述のとおり,損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象とならないことから,これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とするよう 追加変更することは許されす,追加変更か許されることを前提とした減価 償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともてきないから,原 告か計上した減価償却不足額79万5221円は,原告の所得金額に加算 されるへきてある。ウ 前記(2)イのとおり,本件建物につき圧縮限度超過額か生したため,本 件建物に係る減価償却費を算出すへきところ,その計算式は,以下のとお りてある。(圧縮後取得価額-残存価額)(償却率) (償却限度額) (54,727,527円-5,472,752円)×0.033 = 1,625,407円(円未満切捨て) したかって,上記162万5407円は,減価償却費として,原告の所得金額から減算されるへきてある。
 また,前述のとおり,損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象とならないことから,これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とす るよう追加変更することは許されす,追加変更か許されることを前提とし た減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともてきないこ とから,原告か自己否認した本件建物付属設備に係る減価償却超過額31 万7117円及ひ本件機械装置に係る減価償却超過額218万3412円 は,それそれ,原告の所得金額から減算されるへきてある。エ 以上のことから,被告かした,平成13年3月期における原告の所得金 額を0円,翌期へ繰り越す欠損金額を8808万5566円,確定申告等 による所得税額等の還付金額を57万7475円とする更正処分は適法て ある。(4) 平成14年3月期について ア 更正処分について
(ア) 証拠(乙6号証,14号証の3,21号証)及ひ弁論の全趣旨によ れは,以下の事実を認めることかてきる。a 原告は,平成14年3月期の修正申告において,本件建物につき,減価償却不足額79万5221円を計上した。
b 原告は,平成14年3月期の修正申告において,本件建物付属設備につき20万4285円,本件機械装置につき158万6446円の減価償却超過額か生していたとして,それそれ自己否認した。c 原告は,平成14年3月期法人税の修正申告書に,繰越欠損金の当期控除額として1億1855万6997円と記載した。
d 平成14年3月期において,原告に対し還付される所得税額は,167万9198円てあった。
(イ) 前述のとおり,損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象とならないことから,これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とす るよう追加変更することは許されす,追加変更か許されることを前提とした減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともてきな いことから,原告か計上した減価償却不足額79万5221円は,原告 の所得金額に加算されるへきてある。(ウ) 前記(2)イのとおり,本件建物につき圧縮限度超過額か生したため, 本件建物に係る減価償却費を算出すへきところ,その計算式は,以下の とおりてある。(圧縮後取得価額-残存価額)(償却率) (償却限度額) (54,727,527円-5,472,752円)×0.033 = 1,625,407円(円未満切捨て) したかって,上記162万5407円は,減価償却費として,原告の所得金額から減算されるへきてある。
 また,前述のとおり,損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象とならないことから,これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象 とするよう追加変更することは許されす,追加変更か許されることを前 提とした減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともて きないことから,原告か自己否認した本件建物付属設備に係る減価償却 超過額20万4285円及ひ本件機械装置に係る減価償却超過額158 万6446円は,原告の所得金額から減算されるへきてある。(エ) 以上のことから,平成14年3月期における原告の所得金額は,2 785万0514円と算出されるか,これに国税通則法(以下「通則法」 という。)118条1項を適用して算定した金額を基に,法人税法66 条3項及ひ経済社会の変化等に対応して早急に講すへき所得税及ひ法人 税の負担軽減措置に関する法律16条に従って算定した法人税額から控 除所得税額等を差し引き,通則法119条1項を適用すると,平成14 年3月期における原告の差引所得に対する税額は,444万7800円 と算出することかてきる。そして,上記差引所得に対する税額に原告か確定申告において還付を 受けた所得税額等を加算し,通則法119条1項を適用すると,原告か 差引納付すへき法人税額は,612万6900円と算出することかてき る。(オ) よって,被告かした,平成14年3月期における原告の所得金額を 2785万0514円,差引所得に対する税額を444万7800円, 差引納付すへき法人税額を612万6900円とする更正処分は適法て ある。イ 賦課決定処分について 上記のとおり,平成14年3月期の法人税の更正処分は適法てあるから,これを前提として行われた本件賦課決定処分も適法てある。
 3 結論よって,原告の請求は,いすれも理由かないからこれを棄却し,訴訟費用の 負担について行政事件訴訟法7条,民事訴訟法61条を適用して主文のとおり 判決する。松山地方裁判所民事第1部
裁判長裁判官 澤野芳夫
裁判官 竹尾信道
裁判官 白石裕子
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